ISO9001认证质量手册是组织质量管理的纲领性文件，对程序文件起导向作用。质量手册可直接包含程序文件，也可以引用程序文件的内容。因此程序文件的重要内容部分应与质量手册保持一致，避免出现矛盾。
ISO9001认证程序文件是作业指导性文件的上一层次的文件。从某种意义上讲，作业指导书也是一种程序文件，但在描述的对象上有所不同。程序文件的内容注重管理方面，所描述的是与本程序相关的职能部门的活动内容，一般不涉及纯技术的细节，必要时可在程序文件中引用作业指导书。而ISO9001认证作业指导性文件描述的是具体的作业活动，必须涉及到技术细节，才能发挥指导人们规范操作的作用。
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